商标注册费通常应该计入无形资产科目中。具体操作为：
1. 在发生商标注册费用时，应该在会计凭证上记录该笔费用，同时填写说明，如“商标注册费用”。
2. 在记账时，应该将该笔费用计入无形资产科目中。无形资产科目通常包括商标、专利、版权等无形资产。如果公司有多种无形资产，可以在无形资产科目下设置子科目，以便更好地管理。
3. 记账后，应该及时核对账目，确保无误。如果发现错误，应该及时进行调整。

需要注意的是，商标注册费用应该按照一定的规定进行摊销，不能一次性计入当期损益。具体摊销方法可以根据公司的实际情况和会计准则进行确定。