长期股权投资公允价值变动应该计入“其他综合收益”科目。根据《企业会计准则》的规定，企业在持有长期股权投资时，应当根据公允价值计量其价值变动，并将其计入其他综合收益中。这是因为，长期股权投资的公允价值变动并不是企业日常经营活动所产生的收益或损失，而是由于市场变化等外部因素导致的价值变动。因此，应当计入其他综合收益中，不影响企业当期利润的计算。