小规模纳税人的免税销售应交增值税的处理，应该入“应交税费-增值税”科目。具体操作如下：
1. 在会计凭证中，借记“销售收入”科目，贷记“应交税费-增值税”科目，计算并核定应交增值税额。
2. 在纳税申报表中，填报免税销售的销售收入和应交增值税金额。

需要注意的是，小规模纳税人的免税销售应交增值税的计算方法不同于一般纳税人。对于小规模纳税人的免税销售，应交增值税金额的计算公式为：免税销售额 × 3%。