当公司承担员工的个人所得税时，需要进行以下会计处理：
1. 在财务会计账户中，将个人所得税的支出计入“工资薪金”费用科目下的“个人所得税”子目中，相应地减少“应付工资”科目下的“工资薪金”子目。
2. 在税务会计账户中，将个人所得税的支出计入“应交税费”科目下的“个人所得税”子目中。

需要注意的是，公司承担个人所得税的情况下，需要在员工的工资条上注明扣除的个人所得税金额，并由公司承担。同时，公司在纳税申报时也需要将这部分支出列入扣除项目中，以减少应纳税所得额。