事业单位预算的执行过程中，会计分录应该按照以下步骤处理：
1. 预算编制阶段：根据预算编制的要求，将预算数转化为会计分录。比如，如果预算中规定某项支出为10000元，那么会计分录就应该是借：支出科目10000元，贷：预算科目10000元。
2. 预算执行阶段：根据实际发生的业务，按照预算数和实际数的差异进行调整。比如，如果某项支出实际发生了11000元，那么会计分录就应该是借：支出科目11000元，贷：预算超支科目1000元。
3. 预算执行结束阶段：根据预算执行的结果进行结转。如果预算执行结束后，预算数和实际数相等，那么会计分录就应该是借：预算科目10000元，贷：预算结转科目10000元。如果预算执行结束后，预算数和实际数不相等，那么会计分录就应该是借：预算结转科目（或预算超支科目）1000元，贷：预算科目10000元。

总之，在预算执行过程中，会计分录应该根据预算编制和预算执行的要求进行处理，确保会计记录的准确性和完整性。