工程利润率和毛利率都是衡量企业盈利能力的指标，但它们的计算方式和意义有所不同。

工程利润率是指企业在完成某项工程项目后所获得的净利润与该工程项目的总成本之比。通常用于评估企业在工程项目中的盈利能力，可以反映企业的工程管理水平和成本控制能力。

毛利率是指企业销售产品或提供服务后所获得的毛利润与销售收入之比。毛利率是评估企业经营能力的重要指标之一，可以反映企业的产品或服务质量、市场竞争力和成本控制能力。

因此，工程利润率和毛利率的区别在于，前者是针对工程项目的盈利能力进行评估，后者是针对整个企业的经营能力进行评估。