第三方审计收费标准的制定依据主要包括以下几个方面：
1. 相关法律法规：审计机构在收费时必须遵守国家有关法律法规的规定，例如《中华人民共和国注册会计师法》、《中华人民共和国审计法》等。
2. 行业惯例：审计行业有一定的惯例，例如根据企业规模、业务复杂程度、审计风险等因素来确定收费标准。
3. 审计机构自身情况：审计机构自身的规模、专业水平、经验等都会影响其收费标准的制定。
4. 审计项目的性质：不同类型的审计项目，其收费标准也有所不同，例如财务报表审计、内部控制审计、合规性审计等。

总之，审计机构制定第三方审计收费标准时需要综合考虑多个因素，以确保其收费合理、公正、透明。