非营利组织可以通过向税务机关提交申请，申请免税收入。具体流程如下：
1. 首先，非营利组织需要具备法人资格，且符合相关的免税收入条件。
2. 然后，需要填写《非营利组织免税申请表》，并附上相关材料，如组织机构代码证、税务登记证、财务报表等。
3. 提交申请后，税务机关将对申请材料进行审查，并进行现场核查。
4. 审核通过后，税务机关将发放《非营利组织免税证书》，非营利组织即可享受免税待遇。

需要注意的是，非营利组织在享受免税待遇的同时，也需要遵守相关的税收法规和规定，如按时缴纳税款、及时报送财务报表等。