一般纳税人水费差额账务处理中，水费差额的计算方法如下：
1. 首先，要确定水费的应纳税额。一般纳税人在购买水费时，需要支付水费和增值税两部分费用。其中，增值税的计算公式为：水费金额×税率（一般为3%）。因此，水费的应纳税额为：水费金额÷（1+税率）×税率。
2. 然后，要确定水费的实际纳税额。一般纳税人在纳税时，可以选择实际利润率方法或者简易计税方法。如果选择实际利润率方法，需要根据企业的实际情况计算出水费的实际纳税额；如果选择简易计税方法，可以按照国家规定的税率进行计算。
3. 最后，根据水费的应纳税额和实际纳税额的差额，计算出水费差额。水费差额=水费应纳税额-水费实际纳税额。如果水费实际纳税额大于水费应纳税额，即为水费多缴；如果水费实际纳税额小于水费应纳税额，即为水费少缴。