应交增值税明细科目中的已交税金应该在企业缴纳增值税时，由税务机关开具的增值税专用发票或者普通发票来确认。企业在缴纳增值税时，需要将增值税专用发票或者普通发票的信息录入会计系统，确认已交税金的金额，并将该金额记入应交增值税明细科目中。如果企业使用电子发票，也需要将电子发票的信息录入会计系统，以确认已交税金的金额。在会计核算中，已交税金是企业的实际支出，应该在成本和费用中予以体现。