员工应扣的个税金额可以按照以下步骤计算：
1. 首先，确定员工的应纳税所得额。应纳税所得额是指员工的工资收入减去个人所得税起征点后的金额。
2. 根据应纳税所得额，查找适用的税率和速算扣除数。个人所得税税率分为7档，速算扣除数也相应不同。
3. 根据适用的税率和速算扣除数，计算出员工应扣的个人所得税金额。

例如，某员工月薪为10,000元，个人社保公积金缴纳基数为6,000元，扣除费用为800元，则其应纳税所得额为10,000-6,000-800=3,200元。根据个人所得税税率表，应适用3%的税率和0元的速算扣除数，因此该员工应扣个人所得税金额为3,200*3%-0=96元。

需要注意的是，个人所得税计算还要考虑到各种扣除项目的影响，如子女教育、住房贷款等，具体情况需要根据员工的实际情况进行计算。