货物运输合同印花税的计算方法如下：
1. 根据合同金额确定应缴纳的印花税额度，印花税税率为0.05%。
2. 如果合同金额超过100万元，则按照超过部分的金额再乘以0.03%的税率，加上100万元以下部分的印花税金额，即为实际应缴纳的印花税金额。
3. 如果合同金额不足100元，则不需要缴纳印花税。
4. 如果合同为无偿合同，则不需要缴纳印花税。

需要注意的是，货物运输合同的印花税应该由双方共同承担，即印花税的缴纳应该在合同签订时由双方按照约定的比例分摊。