在注册5000万空壳公司过程中，需要支付以下费用：
1. 公司注册费用：包括工商行政管理部门的注册费用、代理费用、印章费用等，一般在几千元至万元不等。
2. 注册资本金：根据公司法规定，有限责任公司的注册资本应不少于30万元，而股份有限公司的注册资本应不少于50万元。注册资本金可以是实缴资本金，也可以是承诺缴纳的注册资本金。
3. 代理记账费用：在公司注册后，需要进行会计核算和纳税申报等工作，因此需要聘请代理记账公司进行代理记账，相应的费用根据代理公司的不同而有所差异。
4. 税务登记费用：在公司注册完成后，需要进行税务登记，缴纳营业税、增值税、所得税等税款，相应的税务登记费用根据税务机关的不同而有所差异。
5. 其他费用：包括律师费、财务顾问费、审计费等，根据公司注册过程中的具体情况而有所不同。