不通过应交税费科目核算会对财务报表产生影响。应交税费是一项重要的财务指标，对于企业的财务状况和经营成果都有重要的影响。

如果不通过应交税费科目核算，则需要通过其他科目来反映税费的影响，比如通过成本费用科目或其他费用科目来反映税费的影响。具体处理方式要根据企业的具体情况来确定，需要结合企业的会计制度和财务报表编制规定来进行处理。一般来说，应该在财务报表中明确反映税费的影响，确保财务报表的真实、准确和完整。