建筑公司核算工程施工成本的方法主要有以下几种：
1. 直接成本法：按照工程实际发生的成本进行核算，包括人工、材料、机械使用费、施工现场管理费等直接与工程施工有关的成本。
2. 间接成本法：按照全公司的间接成本分摊到各个工程中，包括总部管理费、销售费用、财务费用等。
3. 综合成本法：综合考虑直接成本和间接成本，按照一定的比例进行分摊，以反映工程实际成本。

在实际操作中，建筑公司可以根据工程的特点和实际情况选择合适的成本核算方法，以便更准确地掌握工程施工成本，为管理决策提供依据。同时，建筑公司还需要注意合理控制成本，提高工程施工效率，从而提高企业盈利能力。