机器报废清理后，已经发生的折旧费用应该按照以下步骤进行处理：
1. 计算累计折旧：累计折旧是指机器在使用期间已经发生的折旧费用总和。计算方法为：原值减去残值，再乘以折旧率。例如，机器原值为10,000元，残值为1,000元，折旧率为20%，则累计折旧为(10,000-1,000)×20%=1,800元。
2. 计算净值：净值是指机器报废前的账面价值，计算方法为：原值减去累计折旧。例如，机器原值为10,000元，累计折旧为1,800元，则净值为10,000-1,800=8,200元。
3. 计算报废损失：报废损失是指机器报废后，净值与报废收入之间的差额。如果报废收入大于净值，则不存在报废损失。例如，机器报废后的收入为9,000元，则报废损失为9,000-8,200=800元。
4. 处理折旧费用：根据会计准则的规定，已经发生的折旧费用应该在报废时进行清理，即将累计折旧从固定资产账户中扣减，并计入损益账户中。以本例为例，应该将1,800元从固定资产账户中扣减，并计入损益账户中。