如果车辆发生事故，公司需要向保险公司申请理赔，这笔款项应该按照以下步骤处理：
1. 记录保险理赔款项的金额。根据保险公司的赔偿金额，将该金额记录在公司的会计账簿中。
2. 确认保险理赔款项的种类。根据保险合同的内容，确认保险理赔款项的种类，如车辆保险、人身保险等。
3. 根据保险理赔款项的种类确认会计科目。根据保险理赔款项的种类，确认相应的会计科目，如车辆保险费用、人身保险费用等。
4. 记录保险理赔款项的借贷方向。根据会计科目的借贷规则，将保险理赔款项的借贷方向进行记录。
5. 根据会计凭证进行会计核算。根据会计凭证，将保险理赔款项进行会计核算，确保账簿的准确性和完整性。

总之，保险理赔款项的处理需要根据保险合同的内容和会计准则进行操作，确保会计账簿的准确性和合规性。