建筑公司工程施工二级科目中，税务处理和合规管理非常重要，以下是建议：
1. 税务处理
（1）营业税：建筑公司一般按照实际完工进度来计算营业税，需注意营业税计算公式的正确性。
（2）增值税：建筑公司应按照国家规定的增值税计税方法进行计税，并在规定时间内缴纳增值税。
（3）所得税：建筑公司应按照国家规定的所得税计算方法进行计算，并在规定时间内缴纳所得税。
2. 合规管理
（1）建立合规管理制度：建筑公司应建立合规管理制度，包括税务合规、财务合规、合同管理等方面。
（2）加强内部控制：建筑公司应加强内部控制，确保财务信息的真实性、准确性和完整性。
（3）及时纠正违规行为：建筑公司应及时纠正违规行为，避免因违规行为而导致的不良后果。
（4）定期进行合规自查：建筑公司应定期进行合规自查，及时发现并纠正存在的问题，防范合规风险。

总之，建筑公司应加强税务处理和合规管理，确保企业的稳健发展。