在会计分录中，可以通过以下方式体现开票系统减免税：

假设公司在销售商品时，开票系统自动减免了10%的税费，销售金额为1000元，会计分录如下：

借：应收账款900元（销售金额减去减免的税费）
借：税费减免100元
贷：销售收入1000元

其中，借方的应收账款账户反映了收到的实际金额，借方的税费减免账户反映了减免的税费金额，贷方的销售收入账户反映了实际销售金额。这样，在会计记录中就能够准确地反映开票系统的减免税情况。