已经预提但未缴纳的应交税费需要在会计核算中进行相应的处理，具体方法如下：
1. 在会计科目中，应交税费属于负债类科目，需要在负债类科目中开设应交税费科目。
2. 当企业已经预提但未缴纳的应交税费，需要在应交税费科目中进行借方记账，表示应交税费的增加。
3. 同时，需要在预提税金科目中进行贷方记账，表示预提税金的减少。
4. 当企业实际缴纳应交税费时，需要在银行存款科目中进行借方记账，表示银行存款的减少。
5. 同时，在应交税费科目中进行贷方记账，表示应交税费的减少。
6. 如果企业在预提税金期间发生了实际缴纳税款的情况，需要在预提税金科目中进行借方记账，表示预提税金的减少。
7. 同时，在应交税费科目中进行贷方记账，表示应交税费的减少。

总之，企业需要根据实际情况对已经预提但未缴纳的应交税费进行科学合理的处理，确保会计核算的准确性和合规性。