小规模纳税人按照简易计税方法计算增值税及附加税费。简易计税方法是按照销售额扣除标准比例来计算应纳税额的方法。具体计算方法如下：
1. 计算应纳增值税额：销售额 ×3%（增值税税率）= 应纳增值税额。
2. 计算附加税费：应纳增值税额 ×5%（附加税税率）= 应纳附加税费。
3. 计算应纳税额：应纳增值税额 + 应纳附加税费 = 应纳税额。

需要注意的是，小规模纳税人的销售额不包括免税、不征税、按3%征收率计税的货物销售额和服务、不动产和无形资产的销售额，也不包括销售额超过5万元的部分。