在工程承包结转分录中，未结清的工程款项应当按照以下方式进行处理：
1. 如果工程款项已经确认收入，但尚未收到全部款项，则应当将未收到的款项作为应收账款记入资产负债表中，同时在损益表中确认已经收到的部分款项。
2. 如果工程款项尚未确认收入，则应当将未结清的工程款项作为在建工程记入资产负债表中，同时在损益表中确认已经结清的部分工程款项。

值得注意的是，对于工程承包结转分录中的未结清工程款项，需要根据实际情况进行具体处理，以保证财务报表的真实性和准确性。