小规模纳税人增值税申报中的增值税税率主要有三种，分别是：
1. 3%税率：适用于销售货物、提供修理、加工、鉴定、评估等服务的小规模纳税人。
2. 5%税率：适用于销售不动产、销售不动产相关服务、销售普通住房、销售农产品等的小规模纳税人。
3. 免税：适用于小规模纳税人销售国家规定的免税货物或者服务的情况。

需要注意的是，小规模纳税人在申报增值税时，应根据自己的业务情况选择相应的税率进行申报。同时，不同的税率适用范围也有一定的限制和规定，需要按照相关法规进行操作。