运费的计算方法有以下几种：
1. 按照重量计算运费：按照货物的重量计算运费，一般以每公斤计算。
2. 按照体积计算运费：按照货物的体积计算运费，一般以每立方米计算。
3. 按照数量计算运费：按照货物的数量计算运费，一般以每件、每箱、每托盘等计算。
4. 综合计算运费：综合考虑货物的重量、体积、数量等因素计算运费。

选择最优方案需要根据具体情况来确定，以下是一些考虑因素：
1. 货物的重量、体积、数量等因素，选择适合的计费方式。
2. 运输距离、运输方式、运输时间等因素，选择适合的运输方式。
3. 运输公司的信誉度、服务质量、价格等因素，选择合适的运输公司。
4. 货物的价值、特殊性等因素，选择适合的保险方案。

综合考虑以上因素，选择最优方案可以使运输成本最小化，同时保证货物的安全和及时到达。