非标准审计报告与标准审计报告的主要不同在于审计师对于被审计单位的财务报表是否真实、准确的判断和表述。

标准审计报告是指依据审计准则和审计程序，对被审计单位的财务报表进行审计后，审计师认为财务报表真实、准确的情况下所发表的审计报告。标准审计报告通常包括审计师对财务报表的意见、审计师的责任声明、被审计单位负责人的声明等内容。

而非标准审计报告则是指审计师在审计过程中发现被审计单位的财务报表存在重大问题或者审计师无法依据审计准则和审计程序对财务报表进行审计的情况下所发表的审计报告。非标准审计报告通常包括审计师对财务报表的限制性意见、否定意见、强调事项段落等内容，这些内容都说明了被审计单位财务报表存在问题或者审计师无法对其进行审计。

因此，非标准审计报告与标准审计报告的主要不同在于审计师对被审计单位财务报表的判断和表述。非标准审计报告通常会对被审计单位的信誉造成负面影响，而标准审计报告则能够证明被审计单位的财务报表真实、准确，有利于提高被审计单位的信誉和声誉。