补交增值税分录的会计处理会影响财务报表中的利润表和资产负债表。

对于利润表，补交增值税分录会导致营业成本和税金及附加费用的增加，从而导致净利润的减少。

对于资产负债表，补交增值税分录会导致应交税费的增加，从而导致负债的增加。同时，如果补交增值税的金额超过了应交税费的账面余额，会导致资产的减少，从而影响负债和所有者权益的平衡。

因此，补交增值税分录的会计处理会对财务报表产生影响，需要及时调整和处理以保证财务报表的准确性。