主营业务成本是指企业在生产经营过程中直接用于产品或服务的成本，是企业经营成本的重要组成部分。主营业务成本的二级明细科目包括原材料、直接人工、制造费用等。

如果主营业务成本的二级明细科目发生变化，可能会对财务报表产生以下影响：
1. 利润表：主营业务成本是利润表上的重要项目之一，如果二级明细科目发生变化，可能会导致主营业务成本的总额和构成发生变化，从而影响利润表的总体表现。
2. 资产负债表：主营业务成本是影响存货金额的重要因素之一，如果二级明细科目发生变化，可能会导致存货金额的总额和构成发生变化，从而影响资产负债表的总体表现。
3. 现金流量表：主营业务成本是现金流量表上的重要项目之一，如果二级明细科目发生变化，可能会导致经营活动现金流量的总额和构成发生变化，从而影响现金流量表的总体表现。

因此，在企业经营过程中，应当注意对主营业务成本的二级明细科目进行科学分类和管理，以确保财务报表的准确性和可靠性。