贸易公司购进商品时，应该将进项税额作为应交增值税的一部分计入成本，同时也需要在会计分录中进行处理。具体的会计分录如下：

借：存货账户（或进口材料账户） xxx
借：应交税费账户（增值税-进项税额） xxx
贷：银行存款账户（或应付账款账户） xxx

其中，存货账户（或进口材料账户）对应的是购进商品的成本账户，应交税费账户（增值税-进项税额）对应的是应交的增值税的账户。这样做的目的是将进项税额计入成本，同时也能够准确地核算增值税的应交金额。