其他权益工具下设二级科目的核算方法和应用场景如下：

核算方法：
1. 其他权益工具下设二级科目应按照会计准则规定的相关规定进行核算；
2. 其他权益工具下设二级科目的核算应当与股东权益的变动相对应；
3. 应当及时记录其他权益工具的发行、回购、转让等交易行为，确保账面余额的准确性。

应用场景：
1. 其他权益工具下设二级科目适用于公司发行的各种权益工具，如优先股、可转债等；
2. 其他权益工具下设二级科目可用于记录公司对股东的各种承诺和义务，如分红承诺等；
3. 其他权益工具下设二级科目可用于记录公司与股东之间的权益转移，如股份回购等。

总之，其他权益工具下设二级科目的核算方法和应用场景是为了更好地反映公司与股东之间的权益关系，确保公司财务报表的准确性和可靠性。