支付代理记账费用的会计处理如下：
1. 记录代理记账费用支出的会计凭证，借记“代理记账费用”科目，贷记“银行存款”科目。
2. 在账务处理中，将代理记账费用归入“管理费用”或“业务拓展费用”科目中，具体归属科目根据公司的会计政策和实际情况而定。
3. 在月末或年末结账时，将代理记账费用计入损益表中，作为公司的费用支出，减少公司的税前利润。

需要注意的是，在支付代理记账费用时，应当及时核对费用金额和发票的真实性和合法性，以确保公司的财务安全和合规性。