应付账款超过三年的情况，一般需要进行清理。具体的清理方法如下：
1. 确认账务：首先需要确认这些应付账款的账务是否准确，包括账款金额、账款性质、账款期限等。
2. 联系债权人：联系债权人，了解债权人的情况，包括是否愿意协商解决、是否能够提供充分的证明文件等。
3. 协商解决：与债权人协商解决方案，可以考虑采取部分还款、延长还款期限、折价结清等方式。
4. 记账处理：根据协商结果进行记账处理，包括调整应付账款余额、计提坏账准备等。
5. 报告上级：如果应付账款金额较大，需要向上级汇报情况，征求意见并报批。

需要注意的是，应付账款超过三年的清理工作需要谨慎处理，避免影响公司信誉和声誉。同时，清理过程中需要遵守相关法律法规和会计准则，确保账务处理的合法性和准确性。