如果企业多扣了员工的个税，需要将多扣的部分退回给员工。具体做法如下：
1. 根据员工实际的应纳税所得额和税率，重新计算员工的个税应扣金额。
2. 计算员工实际应扣个税金额和企业实际扣缴个税金额的差额，这部分差额即为多扣的个税金额。
3. 将多扣的个税金额记入企业的其他应付款科目，同时在企业的财务报表中披露该项应付款。
4. 向员工支付多扣的个税金额，并在企业的财务报表中披露该项支出。

需要注意的是，企业在处理多扣员工个税退回时，应当遵循相关税法规定，确保合法合规。同时，企业应当保留好相关的凭证和记录，以备税务机关审查。