合作协议和合伙协议都是用于规范合作关系的协议，但是它们的主要区别在于以下几点：
1. 合作协议是指两个或多个企业或个人在某一特定领域或项目上进行合作的协议，而合伙协议则是指两个或多个个人或企业共同经营一家企业的协议。
2. 在合作协议中，各方之间的权利和义务是相对独立的，每个合作方都是独立的经营主体，各自承担自己的风险和责任。而在合伙协议中，各合伙人之间的权利和义务是相互关联的，合伙人共同承担风险和责任。
3. 在合作协议中，合作方之间的利益分配是按照协议约定进行的，而在合伙协议中，合伙人之间的利益分配是按照合伙协议和公司章程的规定进行的。
4. 在合作协议中，合作方之间的合作期限、合作方式、合作范围等方面的内容是比较灵活的，可以根据实际情况进行调整。而在合伙协议中，合伙人之间的合作期限、经营方式、利益分配等方面的内容是比较固定的，需要经过合伙人的共同协商和决定。