根据《个人所得税法》的规定，个人获得的工资、薪金所得应当缴纳个人所得税。而交通补助费属于工资、薪金的一种，因此应当缴纳个人所得税。

具体缴纳的个人所得税金额，需要根据个人所得税法规定的税率和扣除项目进行计算。一般情况下，企业会在发放交通补助费时直接扣除个人所得税后再发放给员工。

需要注意的是，如果交通补助费是以报销的形式发放，那么需要员工提供相关的报销证明，否则可能被税务机关认为是非法所得，导致个人所得税的增加及相应的罚款。