在建工程是一种长期资产，应该按照资产类别和使用目的进行分类和设置科目。一般情况下，在建工程可以设置为三级科目，具体设置如下：

一级科目：固定资产

二级科目：在建工程

三级科目：
1. 建筑工程：包括房屋、厂房、车间、办公楼等建筑物的建设成本。
2. 机械设备安装工程：包括机器设备、电气设备、管道设备等的安装成本。
3. 其他工程：包括土地整理、园林绿化、矿山开采、公路桥梁、港口码头等其他建设工程的建设成本。

在建工程的会计处理一般是采用“累计施工进度法”，即根据工程进度和实际发生的费用计算出工程已完成的成本，按照比例转入固定资产账户。同时，在建工程的账面价值应该经常进行评估和调整，确保其准确反映实际价值。