根据《个人所得税法》和《个人所得税法实施条例》的规定，公司承担个人部分社保费用的部分是可以在个人所得税申报时进行扣除的。具体来说，如果公司为员工缴纳了社保费用中的个人部分，那么员工在个人所得税申报时可以将这部分费用列入专项附加扣除的范畴，进行扣除。

需要注意的是，这个扣除的额度是有限制的，根据《个人所得税法实施条例》的规定，该扣除的额度不能超过实际缴纳的个人社保费用的12个月的金额。此外，该扣除的额度还受到个人所得税应纳税所得额的限制。

因此，如果公司为员工缴纳了个人部分社保费用，员工可以在个人所得税申报时进行扣除，但是具体的扣除额度需要根据个人实际情况进行计算。