扣除员工住宿费需要进行以下会计处理：
1. 记录住宿费用
首先，需要记录员工住宿的费用，这个费用应该归入公司的员工福利费用中。具体操作是在会计科目中建立一个“员工福利费用”科目，并在每个月的会计期间末将住宿费用计入该科目。
2. 扣除员工住宿费用

当公司从员工的工资中扣除住宿费用时，需要将这笔费用从员工工资中扣除，并将其记录在公司的“应付工资”科目中。具体操作是在每个月的会计期末，将扣除的住宿费用计入“应付工资”科目，并在工资单中显示该扣除项。

3. 记录应付工资

当公司在下一个工资支付周期内向员工支付工资时，需要将扣除的住宿费用从应付工资中扣除，并将其记录在公司的“员工福利费用”科目中。具体操作是在每个月的会计期末，将应付工资中扣除的住宿费用计入“员工福利费用”科目，并在工资单中显示该扣除项。

需要注意的是，公司在进行这些会计处理时需要遵守相关的税法和劳动法规定，确保合法合规。