使用商业汇票支付应付账款时，需要将以下科目进行记账：
1. 应付账款科目：借方，表示应付账款减少。
2. 银行存款科目：贷方，表示银行存款增加。
3. 商业汇票科目：贷方，表示商业汇票的金额增加。

在使用商业汇票支付应付账款时，需要注意以下几点：
1. 商业汇票必须在到期日前兑现或到期日当天存入银行。
2. 商业汇票到期后，如果未能兑现，需要将商业汇票科目借方，银行存款科目贷方，计提坏账准备。
3. 商业汇票到期后，如果已经兑现，需要将商业汇票科目贷方，银行存款科目借方，计入利息收入。