公司承担员工个税的处理方式如下：
1. 计算公司应承担的个税金额：公司应承担的个税金额等于员工应纳税所得额乘以适用税率减去速算扣除数。
2. 记录公司承担的个税支出：公司应将承担的个税支出计入当期的费用或成本中，具体会计科目可根据公司的会计制度和会计政策确定。
3. 在员工工资单中体现：公司应在员工的工资单中体现公司承担的个税金额，并在个税申报时将该金额纳入公司的个税申报表中。

需要注意的是，个税是员工个人的税务责任，公司承担个税属于企业对员工的福利补贴，应在税前计算，不应影响员工的个税申报和缴纳。同时，公司应按照税法规定，依法申报纳税。