应付账款有余额时，可以通过以下两种方式抹掉：
1. 通过支付款项，将应付账款的余额全部结清，例如通过银行转账、支票等方式支付应付账款的余额。
2. 如果应付账款有短期内到期的其他账款，可以将应付账款的余额与其他账款进行抵消，将余额抵消掉。例如，如果公司应付账款有1000元的余额，在短期内还有供应商向公司采购货物，应付账款为900元，那么可以将应付账款余额1000元与短期内的应付账款900元进行抵消，只需支付100元即可将应付账款余额抹掉。