支付商标费通常会计入以下科目：
1. 知识产权使用费：商标是一种知识产权，因此支付商标费用可以计入知识产权使用费科目。
2. 营业税及附加：根据《营业税暂行条例》第三条规定，纳税人在生产、经营过程中使用知识产权需要支付的费用，可以计入营业税及附加科目。
3. 其他业务成本：商标费用也可以计入其他业务成本科目，具体要看公司的会计政策和实际情况。

需要注意的是，在会计核算中，商标费用应当按照实际发生的金额计入相应科目，并且需要及时记录发票和其他相关凭证，以备将来审计和查询。