物业公司水费差额征税是指物业公司在向业主收取水费时，将水费按照税率计算后，将税额加入到水费中向业主收取，然后再将税额上缴给税务部门的一种税收征收方式。具体申报流程如下：
1. 首先，物业公司需要按照税务部门的要求开具发票，将税额单独列出，并在发票上注明“差额征税”。
2. 然后，物业公司需要在纳税申报表中，将差额征税的税额单独列出，与其他应纳税额一起申报缴税。
3. 物业公司还需要在缴税时，将差额征税的税额单独缴纳给税务部门。

需要注意的是，物业公司在申报差额征税时，需要按照税务部门的要求填写相关申报表格，并在申报时准确计算税额，避免漏报或误报导致税务风险。同时，物业公司还需要保留好相关发票和申报材料，以备税务部门的查验。