小规模纳税人出口货物应按照以下步骤操作：
1. 首先，在销售货物时应开具增值税专用发票，并在开票时注明“免税”字样。
2. 然后，在纳税申报时，应在《增值税纳税申报表》中的“应税销售额”栏目填写销售额。
3. 在“免税销售额”栏目填写出口货物的免税销售额。
4. 最后，在“应纳税额”栏目填写应税销售额与免税销售额的差额，即为应纳增值税额。

需要注意的是，小规模纳税人出口货物时，还需在《增值税普通发票》上注明“免税”字样，并在销售单据、合同等相关文件上注明出口货物的品名、数量、金额、运输方式、目的地等信息。同时，还需保留相关证明材料，以备税务机关查验。