在建工程是指企业正在进行的工程项目，还未完工或投入使用，因此应该作为资产类科目进行会计核算。在建工程的二级科目设置应该根据企业的具体情况进行设置，一般可以设置为以下几个方面：
1. 在建工程-房屋建筑：用于记录企业正在进行的房屋建筑项目的成本和进度情况。
2. 在建工程-土木工程：用于记录企业正在进行的土木工程项目的成本和进度情况。
3. 在建工程-装修工程：用于记录企业正在进行的装修工程项目的成本和进度情况。
4. 在建工程-机械设备安装：用于记录企业正在进行的机械设备安装项目的成本和进度情况。
5. 在建工程-其他工程：用于记录企业正在进行的其他工程项目的成本和进度情况。

在建工程的二级科目设置应该符合企业的实际情况和会计核算需要，同时需要保证科目设置的合理性和科目之间的互相衔接。