补缴的增值税应该按照以下步骤进行账务处理：
1. 记录增值税应纳税额和实际缴纳税额的差额为应补增值税。
2. 根据税务局的通知或要求，将应补增值税及相关罚款等费用在规定的期限内缴纳。
3. 在企业的会计账簿中，将应补增值税及相关罚款等费用记入当期的费用或成本科目中，同时将缴纳的增值税及相关罚款等费用记入当期的应交税费科目中。
4. 如果应补增值税是由于之前的账务处理错误导致的，需要对错误进行纠正，并在纠正后重新计算应缴的增值税。

需要注意的是，不同的情况可能需要进行不同的账务处理，具体的操作应根据实际情况进行决定。同时，建议企业在进行增值税的账务处理时，应遵循税法的规定和税务局的要求，确保账务处理的准确性和合规性。