企业独立工会是一个独立的法人组织，其账务核算应该按照独立法人的原则进行。具体操作如下：
1. 设立独立账户：企业独立工会应该开立独立的银行账户，用于接收工会的各项收入和支出。
2. 记录收入：工会的收入主要来自于会员的会费、企业的赞助款、捐款等。工会应该按照收入的来源进行分类，并记录在会计账簿中。
3. 记录支出：工会的支出主要包括活动费用、办公费用、公益事业支出等。工会应该按照支出的性质进行分类，并记录在会计账簿中。
4. 编制财务报表：工会应该按照会计准则编制财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表等。
5. 审计工作：工会应该定期进行内部审计，并聘请专业机构进行外部审计，确保账务核算的准确性和真实性。

总之，企业独立工会的账务核算应该按照独立法人的原则进行，确保账务的准确性和合法性。