对方代垫的运费应该计入“应付账款”科目。具体操作如下：
1. 在收到对方代垫运费的发票时，应该先确认运费的金额和对方的付款方式。
2. 然后，将该笔应付账款记入“应付账款”科目中。记账时，应该按照对方的付款方式来决定使用哪个科目进行记账。
3. 如果对方使用现金或支票支付，应该在“银行存款”科目中记一笔相应的收款，以反映实际的收入情况。
4. 如果对方使用银行转账支付，应该在“银行存款”科目中记一笔相应的收款，同时在“银行对账单”中查看该笔转账是否已经到账，以确认收入情况。

总之，对方代垫的运费应该记入“应付账款”科目，同时需要根据对方的付款方式来决定是否需要在其他科目中进行相应的记账。