企业不愿意收承兑汇票的主要原因是承兑汇票存在一定的风险和不确定性。具体来说，以下几个方面是企业不愿意收承兑汇票的主要原因：
1. 风险高：承兑汇票是一种信用工具，其背书人的信用状况和承兑人的信用状况都会影响持票人的收款。如果承兑人无力兑付，持票人将面临无法收回款项的风险。
2. 流动性差：承兑汇票通常需要等到到期日才能兑现，这对企业的现金流造成一定的影响。如果企业需要及时回收资金进行运营，收承兑汇票可能不是最佳选择。
3. 手续繁琐：承兑汇票的背书、贴现等操作比较复杂，需要企业投入大量的时间和精力。如果企业没有专业的财务人员或者金融机构的支持，可能会面临操作不当的风险。

综上所述，企业不愿意收承兑汇票主要是因为其存在一定的风险和不确定性，同时也会对企业的现金流和操作造成一定的影响。因此，在收取承兑汇票时，企业需要谨慎评估风险和收款需求，做出最合适的决策。