个人独资企业的纳税方式是按照所得额进行逐级累进计税，税率从5%到35%不等。具体计算方法如下：
1. 首先，需要计算个人独资企业的应纳税所得额。应纳税所得额 = 税前收入 - 成本 - 抵扣项目。
2. 然后，根据应纳税所得额的不同区间，按照不同的税率进行计算。具体税率如下：

- 不超过3万元的部分，税率为5%；
- 超过3万元至10万元的部分，税率为10%；
- 超过10万元至20万元的部分，税率为20%；
- 超过20万元至30万元的部分，税率为30%；
- 超过30万元至40万元的部分，税率为35%；
- 超过40万元的部分，税率为45%。

3. 最后，根据应纳税所得额和对应的税率，计算出个人独资企业需要缴纳的税款。税款 = 应纳税所得额 × 税率。

以5000万元为例，假设成本和抵扣项目为0，应纳税所得额为5000万元，税率为45%，则个人独资企业需要缴纳的税款为：

税款 = 5000万元 × 45% = 2250万元。

因此，个人独资企业5000万的税款为2250万元。需要注意的是，这只是一个简单的计算示例，具体的税务处理还需要根据实际情况进行具体分析和处理。