固定资产清理有余额时，需要将余额转出。具体操作步骤如下：
1. 在固定资产清理科目下建立一个新的科目，命名为“固定资产清理差异”或“固定资产清理收益”。
2. 在总账中对固定资产清理科目进行凭证调整，将余额转出到新建的“固定资产清理差异”或“固定资产清理收益”科目中。
3. 在资产负债表中，将“固定资产清理差异”或“固定资产清理收益”科目的余额归入负债或收入科目中。
4. 在损益表中，将“固定资产清理差异”或“固定资产清理收益”科目的余额归入其他收入或其他支出科目中。

需要注意的是，在进行固定资产清理时，应当按照相关的会计准则和政策进行操作，确保账务处理的准确性和合规性。